改造車であっても廃車するための書類さえ揃えられれば問題ありません。また、廃車前にアルミホイールなど、次の車に取り付けたいパーツがあれば、あらかじめ取り外しておくことも可能です。

ただし、違法改造車の場合は、引き取りは拒否されます。そもそも違法改造によって車検を通っていない車の場合、車検証がないわけですから廃車することができません。