廃車手続きの際に、自動車税納税証明書は不要です。したがって、買取りの場合とは違い、手続き上は、自動車税を納めていなくても廃車することができます。ただし、納税の義務は当然残ったままです。

きちんと自動車税を納めている人であれば、廃車手続きを行うと自動的に自動車税の還付に関する通知が届きます。年度中に廃車を行った場合、月割りで自動車税が還付されるからです。この時、自動車税を納めていない人は、還付ではなく廃車にした月までの月割り額の自動車税を支払うよう督促状がくることになります。

納めていない人は、廃車と同時に自動車税を支払えばスムーズです。運輸支局で一時抹消登録や永久抹消登録をした際に、隣接する税事務所で月割り額を支払う方法です。この際、一時抹消登録証明書か現在登録証明書（運輸支局で登録事項等証明書の交付を請求すると入手できる）が必要になります。

なお、4月に廃車する場合、自動車税の請求書が来る前に手続きを進めている、またはすでに廃車しているケースが考えられます。この場合は、上記のように廃車時に同時に支払うか、後日送られてくる年度額すべての請求書を一度無視して、その後にくる1カ月分（4月分の自動車税）の請求額を納めることになります。